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Durante sua infância, Yamato foi sequestrado por Orochimaru e se tornou uma das sessenta crianças que eram suas cobaias. Ele os injetou o DNA do Primeiro Hokage, na esperança de que poderia replicar a capacidade do Shodai de utilizar o Mokuton, bem como uma capacidade quantificada para controlar Bijūs. Orochimaru depois abandonou o experimento acreditando que nenhum deles sobreviveu, no entanto, Yamato foi o único sobrevivente, e viu-se dotado de habilidades do Shodai.[10]

Yamato se formou na Academia com a idade de seis anos, e nessa mesma idade, foi promovido ao posto de chūnin.[11] Mais tarde, ele se juntou a ANBU, e, por um tempo, serviu sob a orientação de Kakashi Hatake.[12][13] Yamato também viria a ter o melhor desempenho em qualquer registro da ANBU sob o comando do Terceiro Hokage, levando a Quinta Hokage à ter maior confiança nele.[14] Parte I Editar Yamato espionando Naruto e seu timeYamato derrotando a última marionete. No anime, quando o Time 10 e Naruto Uzumaki receberam uma missão rank-B, potencialmente rank-A, a missão de resgatar o filho de um daimyō, Shū, que era um aliado do País do Fogo, Tsunade pediu para Yamato. Por causa de rumores sobre a existência da atividade suspeita acontecendo no País do Isto que era para onde o Time 10 estava indo, Yamato foi secretamente atrás dos jovens ninjas de Konoha, por haver o perigo da missão se tornar rank-S e também reunir todas as informações possíveis.[15] Mais tarde, depois do Time 10 completarem a fase inicial de seu plano, capturando Shū a nação foi subitamente atacada pela Akatsuki. Yamato entra em ação e destrói várias marionetes de Sasori. Apesar de sua ajuda, o país finalmente cai perante o ataque da Akatsuki. O Time 10 ainda tinha que levar Shū para casa, Yamato vai atrás até eles cruzarem as fronteiras do país. Depois, Yamato volta para Konoha para relatar à Tsunade, ela ficou preocupada com a notícia.[16]